PubMedは、National Library of Medicine(NLM)がインターネット上で世界に向けて無料公開した医学・医療領域の文献情報検索サービスで、現在1100万件以上の索引データを収録している． Medlineは1966年から現在までの、米国を中心に世界70ヶ国、4000誌以上の生物医学雑誌を収録した抄録データベースであるが、PubMedはMedline、PreMedine、出版社が直接電子的に提供している”Science”のようなMedlineでは選択的に収録される雑誌の全文献を含む抄録データベースである．検索システムは、検索語をより適切な用語に置き換えて検索をするAutomatic Term Mappingを持ち、またMeSH BrowserやIndexから検索ができる．PubMedの検索結果から、雑誌のOnline Journal利用の契約を要するが、フルテキストにリンクが張られている論文もある.またPubMedはNational Center for Biotechnology Information(NCBI)作成するEntrez検索システムの一部で、遺伝子情報やタンパク質の配列データへもリンク付けられている．

２．PubMedの基本画面
画面中央の上部に検索語を記述する入力エリアがあり、その下にLimits,Preview/Index,History，Clipboardのボタンがある．Historyは検索履歴が保存され、ClipboardはClipboardに登録された検索結果が保存されている．検索方法は、この入力エリアで1語以上の検索語を入力して行う方法と、Preview/Indexを使うadvancedな検索方法とがある．著者名はsmith jcの形式で（イニシャルは任意）、雑誌名はフルタイトルかMedline略誌名で検索する．画面左には、Journal Browser, MeSH Browser, Single Citation Matcher, Batch Citation Matcher, Clinical Queries, Old PubMedのメニュ−とHelpや概説・関連情報がある．また、Searchエリアをプルダウンすると、Nucleotide, Protein, Genomoe, Structure, PopSetデータベースの検索ができる．

★PubMedのHelp画面★

Helpをクリックすると、検索フィールド、Automatic Term MappingやLimits等の説明がある．

２−２．検索

検索基本画面から、語bloodで検索する．

検索された件数が表示される．Detailsをクリックし、検索式を確認する．

検索語bloodで行った検索式が表示される．Automatic Turm Mappingが働いていることがわかる．

２−３．Limitsを使って検索する
Limitsをクリックする．検索フィールドや、出版形態等を限定するメニューへ移る． 　　　　　 　 　

検索語bloodを、サーチフィールド、出版形態、年齢、データベース登録日、出版年、言語、人間と動物、性別、Subsets（AIDS,Nursing,PreMedline,Publisher等）、Abstractsのあるもののみで限定できる．

各項目はプルダウンできる．限定項目で選択した内容はAND検索になる．サーチフィールドの限定はblood[ta]のようにサーチフィールドのタグを付けてもできる．

Limitsで検索する

★検索結果の詳細画面★
表示メニュ−が、Abstracts, Citation, MEDLINE, LinkOut, Related Articles等あるので選択し、Displayをクリックし表示する．ここでは、Citationを選択している．
検索結果の番号の横にRelated Articles, Books, LinkOutのリンクボタンがある．その下にBloodとOnline Journal "Blood"へのリンクボタンがあり、クリックするとfull textを閲覧できる．（ただし、該当雑誌のOnline Jが利用できる契約を結んでいる場合やfreeの場合に限る）

検索結果をSaveする, Text表示させる, Orderする, Add to Clipboardの機能がある．

検索結果の左にレ点を付け文献を選択し、saveの形式をCitation等と選択し、Saveボタンをクリックする．ファイルのダウンロード画面が表示されるので、「ファイルをデイスクに保存する」を選び、フィル名．拡張子を入力すると、選択した文献が指定した形式でデイスクに保存される。拡張子は、テキストエデイターやwordで開くならtxtを付ける．拡張子はhtmlも可．Internet Explorerで表示される「上記の場所から開く」は、画面表示となる．

索結果から文献を選び形式をCitation等と選択し、Add to Clipboardをクリックする．選んだ文献が選択した形式でClipboardに登録される．Clipboardボタンをクリックすると、登録した文献のリストが表示される．検索を繰り返しまとめて文献をsaveできる．Clipboardは500件まで登録できるが、未使用だと１時間で登録は無効になる．

Preview/Indexをクリックし、Index機能を使えば、著者を所属機関で限定したい時のように、検索語が様々な形で考えられる場合、検索語を見つけるのに有効である．

★Preview/Index使用画面★
Indexでブラウズされた語は、複数選択すると選択した語の集合をつくり、この集合と検索語入力エリアの検索語とのANDかORかNOT検索を実行する．

３．Journal Browserから検索する
画面左のJournal Browserをクリックする．入力形式を選択し、雑誌名かMedlineの略誌名かISSNを入力し検索する．誌名のなかの１語や幾つかの語でもよいし、engl＊のようにアスタリスクを付けると前方一致検索もできる．
"journal with links to publisher Web sites"をクリックするとLinkOut Providers画面へ移り、PubMedにfull textをリンクしている雑誌名や出版社のリストが見える．

雑誌名、ISSN(International Standard Serial Number)、略誌名のリストが表示され、これらをクリックすると該当雑誌の文献検索ができる．

画面左のMeSH Browserをクリックする．

MeSH Browserで、MeSHに無い用語あるいは、MeSHに変換されない用語を入力すると、入力した語を含んた用語がブラウズされる．該当する用語を選択しBrowse this termボタンをクリックすると、MeSHのブラウズ画面に移る．ここでは、kawasaki diseasesと入力した．

ブラウズした語kawasaki diseaseはMeSHではなく、この概念はMeSHではMucocutaneous Lymph Node Syndromeで表されると指示し、該当MeSHの解説がある．そして該当MeSHが複数のカテゴリーに属する場合は、複数の上位概念の元に、そのMeSHを中心にした概念の上位・下位のMeSHがインデンションで示される．このMeSH treeの各用語に下位語があれば、用語をクリックすれば、下位のMeSH treeがさらに展開し表示される．

Mucocutaneous Lymph Node Syndromeを検索語とするときは、AddをクリックしGoを実行する．MeSH treeの他の用語を検索語とするときは、その用語をクリックし、AND,OR,NOTを選択しAddをクリックする．

検索Detailed Displayで該当MeSHのSubhedingsやMjor discriptaの限定画面へ移る．

検索したMeSHをSubheadingsやMajor Topic Headingsに絞り込むことができる．複数のSubheadingsをチェックすると複数のSubheadingsで限定したものの和集合となる．Subheadings でAddを繰り返すときや、Major Topic headingsやDo Not Explodeにチェックしたときは、ANDかORかNOTを選択する．

diagnosysとtherapyにチェックし、Major Topic headingsにチックしている．

さらにmortalityとMajor Topic headings にチェックし、Addを繰り返している．検索式が完了したらPubMed Searchボタンをクリックし検索を行う．

他のMeSHを検索語に加えるときは、検索語入力エリアに該当語を入力し、Goをクリックする．

また、MeSHのbrows画面で示されるMeSH treeから他のMeSHを検索語として追加できる．また直接Details画面に検索式を記述したり、検索式を削除したりもできる．

他のMeSH　aspirinが検索され、MeSH treeやDetailed displayボタンが表示される．ここでAddをクリックするとaspirinが検索式に加わる．

検索式が完了したら、PubMed Searchボタンをクリックし検索を行う．

さらに、limitsで限定するには、limitsをクリックする．

５．Single Citation Matcherから検索する
画面左のSingle Citation Matcherをクリックする．雑誌の書誌情報や巻号から、ある特定の論文を確認したり探したりできる．雑誌名、発行年月日、巻、号、論文の最初のページ、著者が検索項目となっている．

PubMed IDやMedline IDを1度に、複数の書誌事項から見つけることができる．Output identifier typeでPubMedかMedlineを選択する．決められた形式で書誌事項を記述し、Proceed…をクリックすると、PubMedかMedlineのIDが表示される．

入力形式：Journal_Title|Year|Volume|First_page|AuthorName|Your_key|UID

画面左のClinical Queriesをクリックする

臨床医向けに用意された検索サービスで、治療、診断、病因、予後のカテゴリーにフィルターをかけて、患者治療のための最新の治療指針等を短時間で、効率よく検索できる様にした仕掛け．このフィルターにかけられたカテゴリーは、各々関連のある文献をより多く集めるsensitivityか、より絞り込んだものを集めるspecificityか 、検索が選択できる．予め用意した治療、診断、病因、予後関連の用語を自動的に検索に組み込んで行うもので、一般に検索に慣れた利用者には利用価値は少ない

2000年初めまで使用されていた古いバージョンのPubMed検索画面のBasic Serach．

Advanced Searchの画面．

PubMedは、検索基本画面の入力エリアに、思いつく語を入力し、kawasaki disease[mh] とか、japanese[la]のように、サーチフィールドを限定して語を入力しない限り、この検索システムが持っているAutomatic term mappingの機能が働いて自動的に、検索語をより適切な用語に置き換えて検索を行う．この機能は、なるべくMeSHへと導く検索をし、さらにText Word検索もあわせて実行するように仕組まれている．

Automatic term mappingは、入力された語を次ぎの４つのTable（辞書）を順次参照することによって、実際に検索する語を自動的に決める．その一番目のMeSH Translation Tableには、Unified Medical Language System( UMLS:統一医学用語システムでMethathesaurus、Semantic Network、,Information Sources Map、Specialist Lexiconの４つから構成されていて、入力した検索語を解釈しよりよい検索ができるようにサポートしている)が含まれている．

1. MeSH Translation Table
   MeSH,　Subheadings,　MeSHの参照語, UMLSから展開される用語、物質名とその同義語からなる．このtableで適切なものが見つかれば、そのMeSH用語とText Word（標題、抄録、MeSH,　Subheading、化学物質名からの索引語）の論理和ORになる．MeSHについては、下位語も自動的に含めて検索される．
2. Journal Translation Table
   雑誌フルタイトル、Medlineの略誌名、ISSN(International Standard Serial Number（国際標準逐次刊行物番号）からなる．
3. Phrase List
   MeSH, UMLS, 物質名、タイトルや抄録等によく出てくるphraseからなる．
4. Auther Index
   �@−�Bで見つからない場合、または、１単語の後に１字あるいは２字がくる場合は、このIndexを検索する．イニシャルは自動的に前方一致で探す．
   
   
5. 全てのフィールドを検索

　�@―�Cの順序で検索語を探し、見つからなければ、全てのフィールドを検索する．
　複合語は、分割してそれぞれのtableを全フィールドを見つかるまで繰り返し探す．複合語はスペ
　ースをANDとみなす．

９−１−２．“　”で囲んだ検索はAll Fieldsしか検索しないので、要注意．

９−１−３．dioxin*のように前方一致検索をするとAutomatic term mapping機能は働かなくなり、　全フィールドからの検索になる．

９−１−４．形容詞と名詞の違いで結果が異なる、diabetic obesityとdiabetes obesityでは検索結果が異なるなど、MeSHへの変換機能が不完全な部分がある．

９−１−５．自動的に検索が行われるので、単純な検索には便利であるが、複雑な主題でキーワードの数が多い検索には向いていない．入力語の順番によって結果が異なったり、キーワードの追加は入力フィールドに追加するだけでORやNOTの演算子が使えない．

1.Affiliation[AD]:筆頭著者の所属機関と所在地、助成金番号（米国連邦政府の助成金を受けて報告された文献、1981から）．

2 .All Fields[ALL]:PubMedの全てのフィ−ルドの全ての単語．ただしAutomatic Term Mappingを探してマッチしなかった場合のみ．

3.Author Name[AU]:25人まで対象．形式は　姓△名のイニシャル２つまででイニシャルはなくてもかまわない．　　例：fauci as
また自動的に前方一致検索をするので、これを解除するためには“　”で囲み限定子をつける．
例：“O’brien j”[au]

4.EC/RN Number[RN]:酵素番号（Enzyme Commissionで使用される番号）か、Chemical Abstractsの化学物質登録番号（CAS Registry Numbers）.

5.Entrez Data[EDAT]:PubMedに収録された年月日．例：1999/10/25[edat] 例：1998[edat] 例 ：1997/01:1998/12[edat]

6.Filter[FILTER]:LinkOutを使用するときの、フィルター

7.Issue[IP]: 雑誌の号　　例：6[ip]　例：12[ip]

8.Journal Title[TA]: 略誌名、正式誌名、ISSN（International Standard Serial Number　国際標準逐次刊行物番号） Journal Browserに正式誌名、略誌名、ISSNが収載．　　　　例：0021-9258

9.Lnaguage[LA]:論文の言語　

非英語の論文も多くは英語の抄録がある．言語の先頭3文字を入力すれば良い、ただし日本語は例外でjpn　　　例：jpn[la] 例：eng[la] 例：dut[la]

10.MeSH Data[MHDA]:MeSHが付与されMedlineデータベースに登録された日で、2000年3月4日から付与される．

　例：　2000[mhda]　　例：2000/03[mhda] 例1999:2000[mhda]

11MeSH Major Topic[MAJR]:Major MeSH、論文の主要項目に付与されるMeSH．論文の主論点に絞った検索が出来る．Major MeSHには用語に＊が付いている．

12.MeSH Terms[MH]:NLMのMedical　Subject　Headings(医学件名標目)で、19,000語以上あり、 Medlineの雑誌論文の主題を示すのに使われている．毎年アップデイトされていて用語の変更もある．用語はtree状に階層付けられていて、検索はより限定されたスペシフィックな（下位の）用語で行うように索引付けられている．MeSHは下位語を含む検索や、Subheadingsと組み合わせた検索、MeSH Major Topicからの検索等ができ、主題からの検索には最も威力を発する用語である．

13.Page Nmuber[PG]:論文が掲載されている開始ページ数． 例：145

14.Personal Namer as Subject[PS]:主題として扱われている人名．Author Nameで[PS]を付けて検索． 例：varmus h[PS]

15.Publication Data[DP]:論文が掲載された雑誌の発行年月日．

　例：1998/03/06[dp] 例：1998:1999[dp] 例：Winter 1997　は　1997[dp]

16.Publication Type[PT]:論文の出版形態．

　例：Clinical Traial, Letter, Retracted Publication, Review

17.Subheadings[SH]:副標目、MeSHと組み合わせて使用し、主題をより限定し専門的な主題に絞り込む用語．2文字の省略形も可． 例：asthma/drug therapy[sh]　　　例：asthma/dt[sh]M

18.Secondary Source ID[SI]:二次的データバンクを同定し、MEDLINE文献の分子配列番号を限定するID． 例：genbank[si]

19.Subset[SB]: PubMedには、AIDS, AIM, Dental, MEDLINE, Nursing, PreMEDLINE,
Publisher,PubRefのデータベースがある．AIDSはNLMのAIDSLINEデータベースを,AIMは
Abridged Index Medicusの120誌を、DentalとNursingは歯科と看護分野の雑誌を、PubRefは物理や天文学のようにより広範囲の科学雑誌と出版社が直接送ってくる雑誌のfull textを含んた検索をおこなう．

Pre MEDLINE は、NLMがMEDLINE データベース作成途中のデータベースで、基本的な索引情報と抄録のみのデータを毎日登録しているもである．このデータは[MEDLINE record in process]の表示がついている．このデータにMeSHや出版形態等の他の索引データが追加された完全なレコードが、週毎にMEDLINE に追加登録され、暫定的なPreMEDLINE からは削除される．

PubMedの書誌データには出版社から電子的に直接に送られてきたデータがあり[Record as supplied by publisher]と表示されている．PreMEDLINEに取り込まれた後、MeSHや他のMEDLINE データの項目を付加修正しPubMedレコードとして再登録される．
ただ、出版社から送られてくる論文には、PreMEDLINE やPubMedに更新されないものがある．こらは、"Science"のような総合科学誌でMEDLINEには選択的に収録されている雑誌のもので、MEDLINE の対象分野から外れているため選択されない論文であるが、出版社がPubMedに電子的な情報を提供してくる論文が該当する。このレコードにはUIは無くPMIDのみである．

20.Substance Name[NM]:論文の関連する化学的物質名、1980年半ばに完成されたもので、それ以前はMeSHとして多くの化学的物質名が検索できた．

21.Text Word[TW]:タイトル＋抄録＋MeSH＋subheadings＋化学的物質名＋主題としての人名＋Medlineの二次的なソースフィールドの単語．

22.Title Word[TI]:論文のタイトルに現れる単語．

23.Title/Abstract Word[TIAB]:タイトルと抄録に含まれている語と数字．

25.Unique Identifiers(UID):PubMedのIDのPMIDとMedlineのIDのUI．　

　例：95091318[uid]　例：97465762[uid]

複数のIDをスペースで区切り入力すると、OR検索をする．

24.Volume[VI]:雑誌の巻数．　例：165